А я опять же склоняюсь к замене флешки ввиду ее отмирания. Чтоб и комп, и телефон ее не читали или спотыкались, чтоб что-то начинало работать и обрывалось на разных устройствах при одной и той же флешке.
Попробуйте вот тут реаниматоры для флешек progirus.net/news/reanimation_flash_11_06_russkij/2011-06-26-13
Возможно, поможет какое-то низкоуровневое восстановление (из списка по ссылке), но никаких гарантий, что следующий сбой не случится.
И да, я не исключаю наличие вируса. Одно ж другому не мешает. А с побороться остается только ради собственного опыта. И завести новую